La población de la provincia de Napo que hoy conocemos como San Francisco de Borja fue declarada parroquia, con el nombre de “Virgilio Dávila”, el 28 de febrero de 1952, en presencia de los delegados del gobierno constitucional del Dr. Galo Plaza Laso. Como muchos de los asentamientos en el Oriente ecuatoriano, éste se formó en las primeras décadas del siglo XX por la migración de colonos y campesinos provenientes de la sierra ecuatoriana. Sin lugar a dudas, las personas que más contribuyeron a la organización y al desarrollo de lo que sería San Francisco de Borja, fueron Guillermo Vinueza, Aurelio Dávila Cajas, Carlos Acosta Julio
Fueron ellos quienes a principios de los años treinta desmontaron la selva virgen que yacía en la planicie aledaña a la desembocadura del Río Borja en el Quijos para convertirla en terreno cultivable y de este modo establecerse en ese sector junto a sus familias. La nueva tierra era inhóspita, y los primeros pobladores, a cuya lista además se suman los Dávila, De la Cruz y Minda originarios de Imbabura y Pichincha, entraron por un antiguo camino que partía desde Pintag. Lo que buscaban era poseer tierras propias para poder trabajarlas.
En la década del cuarenta, impulsado por las necesidades educativas de sus hijos, Guillermo Vinueza Tapia, consiguió edificar una escuela dentro del territorio de su hacienda, agrupar un número mínimo de niños y obtener el apoyo institucional del Ministerio de Educación en Quito. A raíz de los cambios poblacionales que se produjeron, entre otras cosas, por la fundación de la escuela N° 7 Quijos en noviembre de 1944, una nueva necesidad surgió: el culto religioso. Fue Guillermo Vinueza Tapia, quien entonces hizo contacto con padres Josefinos de la tradición católica, ubicados hasta entonces en el pueblo de Tena.
Así mismo lideró una expedición histórica que duraría 42 días y que tenía como objetivo traer una antigua campana jesuita de un sector selva adentro. Gracias a trabajos en conjunto como éste y las mingas que edificaron la capilla y aplanaron los caminos, el sector de San Francisco de Borja se transformó en una población organizada.
Entre el amplio grupo de personas que buscaban su desarrollo, se designó un Comité cuyo propósito fundamental sería “exponer a las autoridades gubernamentales la necesidad de declarar Parroquia a la naciente población”. En esa misma época otras comunidades próximas, como por ejemplo El Chaco, discutían los mismos asuntos y a principios de 1952 una comitiva gubernamental, integrada por Simón Bustamante Cárdenas y Marcelo Rivadeneira Araujo, respondería a la petición.
A pesar de que le fecha de fundación de Borja fue en febrero de ese año (1952) con el nombre de Virgilio Dávila, las fiestas oficiales de la Parroquia se celebran el 24 de Mayo; ya que es en esta fecha y en el año de 1959 cuando la parroquia pasa a tomar el nombre de San Francisco de Borja por petición de sus moradores y en honor al Santo “San Francisco de Borja”. El primer Teniente Político de la parroquia fue el morador Rufino Dalgo. Unos pocos años más tarde, en enero de 1957, se declaró oficialmente a Quijos como Cantón, y “su primer Presidente de Consejo Municipal en el período 1957 – 1959, fue el Sr. Carlos Acosta”.